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位势函数matlab,关于势函数的求助 - 分子模拟 - 小木虫 - 学术 科研 互动社区
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发布时间:2019-06-07

本文共 1738 字,大约阅读时间需要 5 分钟。

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为什么要定义参数化流程?因为你拟合键参数的时候也要有非键参数,但非键参数这个时候还没有,这就需要你预设初始非键参数,通常是从其它相关的力场中取;当你拟合外非键参数后,使用初始非键参数得到的键参数还能hold住吗?未必,所以需要从头再来,这是个自洽过程;

此外,一般从量子化学计算结果得到电荷参数,它是非键参数,却要一开始就定义。因为静电作用是分子间相互作用的主要部分,它的选取几乎是多数体系力场成败之关键。又因为量子化学计算电荷有很多种方法,Mulliken change, ESP charge, NBO charge, AIM charge,各种方法得到的电荷差别很大,你怎么办?通常是以分子dipole moment作为选取标准。可是,你的力场一般是用在凝聚态的,即溶液或固体状态,而你的量子化学计算是气态的,介电常数不同,极化率不同,电荷分布可能产生明显差别,你怎么办?

量子化学拟合键参数,需要计算那些信息?通常是基态能量最低点的结构,能量,二阶导(振动频率);可旋转基团的旋转势能面,势能面上的一阶导(受力)等4大类信息。

非键包括静电作用和范德华。实验数据拟合非键,需要哪些信息?通常是几何结构和热力学结合能两方面的成对的信息:比如晶体的几何结构和结合能(升华焓);液体的密度和蒸发焓。

此外,如果要考虑参数的状态可迁移性,就要考虑选取不同温度点下的密度进行拟合,以再现体积膨胀性质。该类性质属于热力学能量对体积的一级展开,那还有多级展开。。。恩,调校参数预测固体膨胀随压力变化的多级展开系数,俺简单涉猎过。

最后,如果要考虑非键参数的化学环境可迁移性,就要仔细定义原子类型和训练基。训练基是你用来拟合参数,进行量子化学计算,和选取实验数据的所包含的分子/物质种类。对非键参数,因为实验数据往往少于待拟合参数,这是个多解问题,超定方程,你必须选取方案,来说明你为什么降低这个而增大那个。如何减少变量个数?要不干脆不变动范德华参数,直接使用Jorgensen老人家千锤百炼,百试成精的OPLS参数。AMBER, CHARMM基本都是基于那一套参数的,然后稍微变动一下电荷参数。

其实每个做力场的课题组都有自己拟合参数的软件。但很少流出来。MS中的Gulp支持从晶体数据拟合非键参数。但我没用过。

最完善的分子力场开发软件是上海交大孙淮教授开发的DFF。

http://www.aeontechnology.com/Product_DFF.php

DFF是商业软件。需要购买使用。也没有见过盗版下载。

此外,

ForceFit: a code to fit classical force fields to quantum mechanical potential energy surfaces.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20340109

可以从A E Clark教授课题组网页download

http://aclark.chem.wsu.edu/software

这个不太完善,我编译都没有通过。

最后,支持拟合的数学软件,matlab, mathmetica都可以。只不过需要写一些script。

我只是提出一些可能遇到的问题。不用被这些问题绊住。实际模拟当中需要补充一些参数,只要不是金属配位键,都比较简单,范德华直接取OPLS,静电直接取量化计算的ESP, 键参数稍微麻烦点,参数太多,就需要使用自动拟合工具。但是如果涉及到的键不多的话,只有1~2根,又不是环,而且振动性质对你的体系影响不大的话,力常数在50~300之间估摸着选取一下,r0在平衡键长周围调调,然后做优化,跟量化结果比较,差不多就得了。这叫trial by error方法。键参数,比如键长可能对密度构成一点影响,所以参数调完后,需要做一些模拟,预测一下密度和蒸发焓。看看合理不。

[Last edited by ChemiAndy on 2011-10-29 at 18:12],

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